幕府は出雲崎に代官所（七万石）をおいて出雲崎とそのまわりの広い地域を直接支配しました。
そのわけは、まず出雲崎が、幕府の財政を支える佐渡の金銀を船で運びこむ港であったこと。
次に、越後の米を船で集めたり運ぶのに便利なところであったこと。
それに越後の有力な三大名（高田藩、長岡藩、新発田藩）の力をおさえるのに都合のよい場所にあったからでした。
このように幕府が直接支配した場所のことを「天領」と呼び、中でも出雲崎は大変重要な地でした。